Faragonda mostra a Roxy e le Winx il nuovo Parco Naturale di Alfea, dove, un misterioso rapace cattura l'ultimo esemplare di Scavatalpa esistente.(Il Parco Naturale Di Alfea) Ciascun Animale Fatato è infatti essenziale alla sopravvivenza e all'equilibrio della Dimensione Magica, così, per riportare qualche esemplare di Scavatalpa nel presente e apprendere il loro segreto, Faragonda consegna a Roxy e le Winx le Pietre dei Ricordi, grazie alle quali potranno viaggiare nel passato e tornare nell'Alfea di una volta.(Giovani Fate Crescono)
Nell'Alfea del passato, le Winx riescono a salvare gli Scavatalpa dalla malvagia fata mutaforma Kalshara, una vecchia compagna di Faragonda, e dal fratello Brafilius. Come ricompensa per aver protetto gli Animali Fatati, la Natura dona alle Winx la magia Butterflix. (Butterflix) Grazie a Roxy, le Winx apprendono il segreto delle Scavatalpa: per ottenere il Potere Ultimo degli Animali Fatati, dovranno cercare l'Animale Fatato con il Primo Colore dell'Universo. Le sei fate però non sono le uniche alla ricerca dell'antico potere. Kalshara e Brafilius infatti sono più che determinati a riuscire ad impossessarsene prima delle Winx.(Il Primo Colore Dell'Universo)
Alla ricerca dell'animale fatato col primo colore dell'universo: nell'era preistorica di Magix, Aisha stringe il Bonding con il Cry-Cry Squonk;(Un Amico Dal Passato) nelle foreste di Lynphea, Flora si lega al Magilupo Amarok;(Attenti Al Magilupo) in un'epoca medioevale italiana, Musa fa la conoscenza del menestrello Orlando e salvando l'Irtogatto Critty, decide di portarle con sé nel presente;(Il Gatto Fatato) liberando gli animali fatati imprigionati da Kalshara, Stella stringe il Bonding con lo Splendavido Shiny;(Winx In Trappola!) mentre Tecna, nel nucleo primordiale di Zenith, si lega indissolubilmente al Tecnoiattolo Flitter.(L'Animale Fatato Di Tecna) Nelle foreste della Cina sulla Terra, spezzando l'influsso della Magia Selvaggia, Bloom stringe il Bonding con un giovane Unicorno di nome Elas. Purtroppo, nessuno dei sei animali rivela di possedere il Primo Colore dell'Universo.(Il Segreto dell'Unicorno)
Esiste una ragione però se ciascuna delle Winx ha stretto il Bonding con un Animale Fatato. Questi ultimi, si rivelano infatti essere i Custodi del Potere Ultimo degli Animali Fatati e, in quanto tali, donano alle Winx i Bracciali Tynix, contenenti il potere Tynix. Raggiungendo un nuovo stadio di livello magico, le Winx potranno viaggiare tra i MiniMondi, piccole dimensioni sconosciute, alla ricerca del Potere Ultimo.(Potere Tynix) La Creatura dal Manto Arcobaleno rivela alle Winx che l'Animale Fatato con il primo colore dell'universo è legato alla magia fatata.(L'Arcobaleno Di Magix) Bloom intuisce che ciò che cercano non è altri che la statua di diamante a forma di Scavatalpa della direttrice Faragonda. Essa infatti, riflette tutti i colori della luce. Le fate, entrando all'interno dell'oggetto, raggiungono il MiniMondo Adamantino, dove apprendono che il Potere Ultimo è in realtà un diamante. Durante la loro assenza però, Kalshara, che si era spacciata per lo Scavatalpa con cui Faragonda aveva stretto il Bonding in gioventù, riesce a rubare il diamante del potere non appena questo lascia il MiniMondo Adamantino viaggiando nel mondo reale.(Il Regno Dei Diamanti)
Brafilius, infastidito dal comportamento di sua sorella, che continua a sminuirlo e maltrattarlo, ruba il diamante del potere e invocando i tre Animali Stregati più potenti dell'intera Dimensione Magica, libera le Trix dalla loro prigionia. Le tre streghe e gli Animali Stregati assediano Alfea, il cui cuore si sta indebolendo per via del Potere Ultimo. Le Winx, entrano quindi nel MiniMondo di Alfea, dove apprendono che per far ritornare la sorgente del MiniMondo al suo antico splendore, devono cercare la Farfalla Dorata.(Il Cuore Di Alfea) Poiché quest'ultima è una creatura molto antica, le fate si recano nell'Alfea del passato per cercarla. Con l'ausilio della Faragonda del passato, le Winx raggiungono il giardino segreto del collegio, dove è custodito un grande fiore colore dell'oro che emana la stessa energia di Alfea. Entrando nel MiniMondo Fiore, Bloom recupera il bozzolo dorato, il quale, schiudendosi dà vita alla Farfalla Dorata.(La Farfalla Dorata)(Un Patto Inatteso)
La magia del Cuore di Alfea viene ripristinata, ma le Winx devono affrontare un'ultima grande battaglia: la battaglia finale contro le Trix, le quali, dopo aver attraversato una sorgente di Magia Selvaggia nel sottosuolo di Magix, si sono trasformate in Streghe Mutaforma. Per aiutare le loro compagne, impotenti di fronte alla nuova magica delle Trix, gli Animali Fatati delle Winx utilizzano l'Incantesimo Definitivo per fondersi nel Cigno dell'Infinito, assorbire il potere del diamante Potere Ultimo e sconfiggere le Trix. Le Winx utilizzano le Pietre dei Ricordi per intrappolare le perfide Trix in un limbo al di fuori dello spazio e del tempo. Dopo di che, le sei fate sono costrette a salutare per sempre i loro Animali Fatati.(Il Potere Degli Animali Fatati)