Grazie al loro Sirenix Oscuro, le Trix nuotano indisturbate tra gli oceani di Domino, pianificando la loro mossa per sconfiggere una volta per tutte le Winx. Icy conduce le sue sorelle verso una grotta misteriosa, dove risiede una creatura mostruosa, che le streghe soggiogano per rovinare la festa in onore di Daphne su Domino. Durante le celebrazioni, sono presenti tutti i nobili del regno, gli Specialisti e le Winx; entusiasti che Daphne sia tornata a casa. A interrompere il clima di festa sono le Trix, che hanno portato a loro seguito un regalo: la Bestia degli Abissi. Gli Specialisti entrano immediatamente in azione per proteggere tutti gli invitati, mentre le Winx utilizzano i loro poteri Sirenix per contrastare la creatura. Neanche i loro incantesimi più potenti però sembrano funzionare. Nel frattempo a Torrenuvola, la preside Griffin accoglie tutte le sue nuove studentesse e allo stesso tempo, dà il benvenuto alle vecchie. All'appello a Torrenuvola però si presentano anche le Trix, che con un incantesimo, trasformano la preside Griffin in un corvo. Le tre streghe spiegano alle studentesse di Torrenuvola il loro piano, e promettono loro grandi poteri, se le aiuteranno a conquistare la Dimensione Magica. Grazie alla fiducia che le streghe ripongono in loro, le Trix ottengono nuovi poteri più oscuri e potenti. Insieme uniscono i loro nuovi incantesimi per trasformare Torrenuvola in un castello volante, grazie al quale, saranno in grado di viaggiare per l'intera Dimensione Magica. Subito dopo, Icy congeda tutte le studentesse, eccetto una: Selina. Con lei stringono un accordo, poteri oscuri enormi, in cambio del potere del suo libro magico, il Legendarium.
Mentre Flora e Miele chiacchierano allegramente, vedono Torrenuvola fluttuare sopra i cieli di Lynphea. All'interno della scuola le Trix ordinano a Selina di evocare i Treants, leggendari cavalieri trasformati in alberi, per scatenare il caos su Lynphea. Alle parole di Selina i Treant si risvegliano immediatamente e attaccano la scuola. Bloom e le Winx utilizzano i loro poteri Sirenix per fermarli. Mentre gli Specialisti e i Paladini aiutano le fate del collegio a fronteggiare la nuova minaccia, le Winx volano fino al castello di Torrenuvola per cercare di capire cosa stia succedendo. Giunte tra le sale della scuola, le Winx vengono attaccate dalle Trix, che adesso dirigono autonomamente Torrenuvola e contro di loro, scagliano orde di streghe studentesse al loro servizio. Bloom individua una grossa fonte di energia negativa provenire da un libro custodito da un delle studentesse, così assieme alle altre Winx cerca di distruggerlo. Nel farlo però le sei fate vengono dislocate immediatamente al di fuori della scuola e ciascuna di loro, ad esclusione di Bloom, perde i propri poteri magici.
Flora difende coraggiosamente le sue amiche senza poteri grazie ai suoi nuovi poteri Bloomix, mentre le studentesse del Collegio di Lynphea, i Paladini e gli Specialisti affrontano le streghe di Torrenuvola, studentesse delle Trix. Stella e Aisha intanto, utilizzando una mossa di danza, il triplo salo all'indietro, riescono a sconfiggere due Basilischi Volanti, che incrociandosi, si pietrificano a vicenda. Grazie alla loro collaborazione, le ragazze ottengono il potere Bloomix. Stella utilizza immediatamente uno dei suoi nuovi speciali incantesimi, e con un raggio di pura luce, sconfigge tutti i Basilischi Volanti e fa tornare al loro naturale aspetto tutte le persone che erano state pietrificate. Poco sopra di loro, Bloom e Flora sono ancora impegnate in una dura battaglia. Flora sta affrontando le studentesse di Torrenuvola, mentre Bloom si ritrova faccia a faccia in uno scontro con le Trix. In loro soccorso arrivano anche Aisha e Stella, e stupite che già più della metà delle fate del Winx Club abbia recuperato i loro poteri, le Trix decidono di ritirarsi.
Durante la notte, le Trix con il loro castello volante si recano su Eraklyon per attaccare un altro istituto magico di fate. Tutte le studentesse volano via, tranne una, Diaspro che coraggiosa, decide di presentarsi al loro cospetto. Le Trix pensano che lei voglia sfidarle, ma in realtà, offre loro il suo aiuto per sconfiggere una volta per tutte Bloom. Diaspro, dopo avere stordito Thoren, è riuscita a gettare Bloom tra le fiamme del Vortice. Infuriata Daphne, scatena tutta la sua energia magica contro Diaspro, che però scompare nel nulla. Bloom invece di essere annientata, sconfigge il Vortice, ottenendo il potere Bloomix e distrugge tutti i Mangiafuoco. Successivamente Bloom, ricordando della sua infanzia con Selina nella Foresta Fiorita, chiede maggiori informazioni ad Eldora riguardo la ragazza e il suo misterioso libro, il Legendarium. Durante il racconto, le Trix attaccano il cottage di Eldora. Le Winx utilizzano i loro poteri Bloomix per proteggere Eldora e sconfiggere le streghe. E' allora che Selina evoca degli spettri ectoplasmici in aiuto delle Trix. Le Winx sono in grave difficoltà, perchè gli spettri sono immuni alla magia fatata e solo l'intervento della Fata Madrina, che evoca un polline leggendario, riesce a farli sparire. Intimorite dalla potenza della fata, anche le Trix si danno alla fuga.
A Torrenuvola, grazie a tutta l'energia magica che le Trix hanno accumulato dalle scuole di magia, il trio di streghe forgia delle collane magiche, in grado di aumentare notevolmente i loro poteri oscuri. Subito dopo procedono ai preparativi per la conquista di una nuova scuola, dirigendo così il loro castello volante verso il Collegio Mistico di Tir Nan Og. Durante lo scontro, all'interno del castello, Selina cerca di rubare la Fiamma del Drago di Bloom per liberare Acheron, ma la fata riesce a sconfiggerla grazie al suo incantesimo speciale. Per Bloom però la sfida non è ancora finita, perchè adesso deve affrontare un duro scontro con Icy. La strega sta quasi per sconfiggerla quando Bloom capisce che, per avere la meglio, deve distruggere la pietra magica che la potenzia. Nel farlo, anche le pietre di Darcy e Stormy spariscono all'istante e le streghe, sono costrette alla ritirata. Grazie al loro valore, Eldora e le sei fate ricevono le bacchette magiche e si trasformano in fate Mythix, accedendo così al mondo del Legendarium. Qui la Saggia Porta dei Mondi dice loro che, per forgiare la chiave e chiudere il libro, devono trovare nel mondo reale lo Smeraldo della Fantasia e la Lancia Argentea.
Le Trix, a bordo della loro scuola volante ancora invisibile, riescono a prendere il controllo della scuola dei forgiatori del maestro dell'acciaio lucente, Hagen l'armaiolo. Adesso che le tre streghe possiedono il potere dell'acciaio magico, sono pronte ad invadere la scuola per fate di Alfea. Le Trix donando alle loro studentesse l'incantesimo dell'invisibilità di Torrenuvola attaccano Alfea, mettendo su un esercito magico invisibile per conquistare la scuola. Appena in tempo, Tecna riesce a rendere visibile Torrenuvola e le streghe con il localizzatore spettrografico. Ma Selina per conto suo, utilizzando il potere del Legendarium, procede a invocare gli spiriti delle tre campionesse della leggenda, per devastare Alfea una volta per tutte. Icy propone in seguito di organizzare un duello tra la fata più potente (Bloom) e la strega più potente (Selina), e chi vincerà deciderà le sorti dell'altro collegio. E' un duro scontro per le Winx ed Aisha, pensando che l'unico modo per sconfiggere le tre campionesse sia potenziare tutte le fate di Alfea con il potere del Bonding, entra nel Mondo del Legendarium a salvare le Pixie che erano state catturate dai Troll Di Selvafosca. La fata riesce nel suo intento ed una volta nel mondo reale, il Bonding delle Pixie potenzia le studentesse di Alfea, che tutte assieme sconfiggono le tre campionesse. Intanto, Selina riesce a sottrarre una scintilla della Fiamma del Drago dal corpo di Bloom per liberare Acheron e si ritira: la fata ha vinto e così decide che le Trix se ne vadano da Alfea.
Grazie a una scintilla della Fiamma del Drago che Selina ha sottratto a Bloom, la strega libera Acheron. Le Trix, che si sentono inizialmente tradite, ingaggiano battaglia con lo stregone, ma Acheron è troppo potente per loro e le intrappola nel Legendarium. Fatto ciò, procede a prosciugare la Dimensione Magica di tutti i suoi poteri. Tramite un trucco Bloom riesce ad eludere tutti gli attacchi di Acheron e ad intrappolarlo nella Scatola dell'Infinito. Successivamente, Bloom scambia con Praseidinio la scatola magica per la chiave del Legendarium. Il piccolo elfo sembra più che felice di concludere l'accordo ma, proprio quando le cose sembrano andare per il meglio, sopraggiungono le Trix, intenzionate a distruggerla. Nel Mondo del Legendarium, Bloom è in pericolo durante la battaglia contro Trix. Credendo in sé stessa, però, la giovane fata riesce a batterle e a catturarle all'interno di magiche sfere indissolubili. Bloom può far ritorno nel mondo reale, dove le Winx si adoperano a sigillare il Legendarium. La fata di Domino affida a Selina la Chiave del Legendarium, la quale sigilla il libro magico per sempre, intrappolando, così, le Trix.