Faragonda dichiara ufficialmente riaperta la scuola di Alfea, e tutte le studentesse ne festeggiano insieme la ricostruzione. Fuori dalle porte di Alfea, le Winx sono impegnate a chiacchierare con gli Specialisti quando, dalla foresta, compare una misteriosa ragazza in cerca di aiuto. Questa sviene, e dal suo cappuccio saltella fuori una creaturina addormentata, che Bloom riconosce essere una Pixie. Insieme, i ragazzi la portano immediatamente in infermeria. Successivamente il professor Avalon porta le Winx a Fonterossa per un evento speciale. Mentre lui si dirige dal professore Codatorta, affida l'incarico a Bloom di prendersi cura anche delle altre ragazze. Infatti è il giorno della riapertura di Fonterossa, distrutta dall'armata delle Trix un anno prima, e tutte le fate di Alfea, le streghe di Torrenuvola e gli abitanti di Magix sono invitati al grande evento.
Gli Specialisti raggiungono le ragazze e le loro Pixie, in modo da guidarle nella loro visita. Mentre Bloom torna indietro per avvisare il professor Avalon del loro spostamento, le altre Winx raggiungono l'antica arena. Qui Stella nota un ragazzo molto carino e dall'aria misteriosa, intento a dipingere. Brandon e Timmy le spiegano che si tratta del nipote del preside Saladin, un ragazzo fin troppo pacifico per diventare uno Specialista. Non appena i due hanno l'occasione di presentarsi, Flora si innamora immediatamente di lui. Per mezzo di un incantesimo, Saladin restaura completamente la fortezza distrutta che oggi è Fonterossa, trasformandola in una gigantesca navetta volante e tecnologicamente all'avanguardia. Dopo di che, tra draghi e combattimenti amichevoli, Codatorta da inizio allo spettacolo. Per permettere alle streghe di avviare le loro ricerche, Darkar invia a Fonterossa un mostro come diversivo, che viene però sconfitto dalle Winx, Aisha e dagli Specialisti. Al termine della giornata, Saladin e Codatorta aumentano le difesa della stanza nella quale il Codex è custodito.
Dopo una lite tra Bloom e Sky, la ragazza decide di andare a Fonterossa per scusarsi, accompagnata da Flora e Tecna. Nel frattempo, le Trix attaccano Fonterossa per prendere il primo pezzo del Codex. Le tre fate e gli Specialisti guidati da Codatorta cercano di impedire alle streghe di accedere alla Cripta del Codice, ma Icy riesce a congelare tutti i sistemi informatici della struttura, permettendo a lei e alle sue sorelle di imbucarsi nella stanza. Tecna, Flora ed Helia vengono rapidamente sconfitti da Stormy. Sempre durante la lotta, Icy ferisce gravemente Sky e soltanto Bloom grazie ai potenti poteri curatevi che derivano dalla sua Fiamma del Drago riesce a salvargli la vita. Intanto Timmy, rimasto l'unico in piedi a potere affrontare le tre streghe, esita nell'attaccarle, permettendo loro di entrare nella Cripta. Le Trix fanno in questo modo la conoscenza di Athena, la Pixie Custode. Darcy però riesce rapidamente a sconfiggerla, impossessandosi del pezzo del Codice. Tecna, reputando Timmy un codardo, inizia ad allontanarsi da lui. A Fonterossa, Timmy domanda l'aiuto di Brandon per cercare un modo di farsi perdonare da Tecna per la sua codardia. Timmy cerca di riavvicinarsi a Tecna, invitandola ad un appuntamento a Magix City e portandole un regalo per il suo computer. Delusa e stanca di sentire parlare soltanto di software anziché dei loro sentimenti, Tecna decide di tornare ad Alfea, interrompendo l'appuntamento.
Successivamente Timmy si reca ad Alfea per recuperare il suo rapporto con Tecna. La fata però, non sembra ancora averlo perdonato, e decide di evitarlo. Alla luce degli ultimi eventi e in una situazione così critica, Faragonda decide di mandare le litigiose Winx in vacanza nel Territorio Recinto, costituito da tre ambienti in uno: in alto un paradiso invernale, in basso un arido deserto e una savana che ospita un gran quantità di animali e piante esotiche. Partiranno immediatamente per la città di Adquistes. Questa vacanza servirà loro per fargli ritrovare serenità, collaborazione e spirito di squadra. Nel Territorio Recinto però la loro magia sarà molto debole. Così per precauzione, Faragonda ha invitato i guerrieri Specialisti a unirsi a loro, nel caso in cui si ritrovino in una situazione di pericolo. Una volta terminati gli ultimi acquisti nel centro commerciale di Adquistes, le Winx e gli Specialisti decidono di dirigersi verso la montagna. Lì una funivia mal funzionante sulla quale si trova l'intero gruppo per salire in cima alle montagne innevate per sciare, rischia di cadere e così di farli precipitare. Solo grazie all'intervento di Bloom, che riesce a placare le divergenze tra le fate, il gruppo riesce a salvarsi. Bloom domanda inoltre il perdono di Sky. Essendo riuscita a superare le proprie debolezze con successo, Bloom ottiene il potere Charmix, un potente gioiello che le darà la forza necessaria per affrontare ogni nemico.
Sotto ordine di Lord Darkar, le Trix entrano nelle terre selvagge di Wildland con lo scopo di portare Bloom dalla Fenice d'Ombra. Nonostante i loro Gloomix però, anche i loro poteri risultano indeboliti in queste terre e non saranno mai in grado di affrontare i guerrieri Specialisti e le fate insieme. Ragione per la quale, dovranno ricorrere ad altri mezzi. Grazie al potere ipnotico di Darcy, le streghe prendono il controllo di alcune bestie del territorio e ordinano loro di catturare la fata e annientare gli Specialisti e il resto delle Winx. La situazione si fa critica quando Aisha e Stella, separatesi dal gruppo, vengono attaccate da delle bestie al servizio delle Trix. Soltanto ricorrendo ai suoi nuovi poteri Charmix, Stelle riesce a sconfiggere le creature. Intanto, Musa sorprende Riven a spiare le mosse di Darcy mentre questa sta ipnotizzando una creatura. In questo modo, i due scoprono che anche le Trix devono trovarsi a Wildland per realizzare chissà quale malefico piano. Senza conoscere le loro intenzioni, Musa decide di fidarsi di Riven, nonostante questo sia già caduto vittima di un loro tranello in passato. Lasciandolo solo a sorvegliare le Trix, Musa ottiene il potere Charmix. Nuovamente circondate da altre creature, Stella decide di utilizzare quel poco di magia che le rimane per lanciare un incantesimo di allarme alle altre Winx e gli Specialisti. Il gruppo in questo modo, finisce dritto nella trappola delle Winx, nonostante Riven riesca ad avvertirli in tempo.
Circondati dalle bestie, Riven racconta al gruppo della trappola in cui le Trix volevano farli cadere. Grazie all'ingegno e alla strategia elaborata da Timmy, il gruppo riesce ad evitare le trappole. Osservando il suo spirito di iniziativa che ha salvato tutti loro la vita, Tecna prende in considerazione la possibilità di rivalutarlo. Rimasta indietro poiché pedinata da un mostro, Aisha è costretta a sconfiggerlo con le sue sole forze, facendolo precipitare giù per una gola. Al suo passaggio però, anche la pietra sotto ai suoi piedi inizia a sgretolarsi e la fata cade giù insieme a lui. Il piano funziona e Tecna si congratula con Timmy e fa sapere dei suoi veri sentimenti al ragazzo, mettendo da parte la logica: dopo ciò, ottiene il suo Charmix. Sky, Timmy e Riven riescono ad intrappolare le Trix, ma soltanto l'arrivo di Helia, con la sua nuova navetta, riesce a metterle definitivamente in fuga. Sulla strada di ritorno però le Pixie, accompagnate da Bloom e Aisha, si ammalano a causa del polline di speciali fiori. Aisha è però sicura che l'Albero della Vita che si trova al loro Villaggio potrà guarirle. Prima di tornare a casa, Tecna sprona Flora a rivelare ad Helia i suoi sentimenti. Le Winx, le Pixie e gli Specialisti decidono di dirigersi verso la fortezza sotterranea di Darkar per salvare Bloom. Lord Darkar decide di trasformare Bloom in Bloom Nera, la consorte naturale della Fenice d'Ombra. Soltanto in questo modo potrà accedere al potere del Realix. Sky, Brandon e Aisha decidono di chiedere l'aiuto di Amentia del regno di Downland. Una volta giunti al suo palazzo, la regina Amentia li tratta con molto disprezzo a causa di Brandon, che l'aveva lasciata proprio durante le loro nozze e decide di collaborare solamente se battuta in un duello. Dopo il combattimento, Amentia riconosce che i ragazzi sono davvero abili e perciò sceglie di aiutarli. Con la loro navetta, gli Specialisti e le Winx giungono all'ingresso della grotta che porta al covo di Lord Darkar, ma vengono ostacolati dalle Trix.
Aisha, Stella, Musa, Tecna e Flora uniscono i loro poteri Charmix in una Convergenza magica per indebolire le creature di Darkar, annullando l'incantesimo delle Trix. Così facendo, riescono ad entrare nella fortezza. Gli Specialisti augurano alle Winx buona fortuna, raggiungendole per salutarle e raccomandando loro di fare molta attenzione. Tecna, gli Specialisti, Musa e Flora raggiungono Stella e Aisha, in difficoltà contro Darkar. La Fenice però li sconfigge tutti con un singolo colpo, ma prima che possa finirli, viene attaccato dalle Trix che, fuse in un unico essere, si lanciano all'attacco dell'oscuro demone. Quando Flora viene colpita, Musa rimane l'unica ancora in piedi, ma prima che possa essere colpita da Darkar, Riven si mette in mezzo per difenderla, venendo colpito al suo posto. Le Trix cercano di impossessarsi del potere del Realix che Bloom Nera è riuscita ad evocare, ma vengono annientate dalla Fenice. Le Winx e gli altri tentano di fermare Bloom, ma la ragazza riesce a scatenare il Realix. Solo grazie all'intervento di Sky, che le dimostra tutto il suo amore e il bene che tutti i suoi amici nutrono per lei, Bloom torna finalmente ad essere buona, utilizzando il proprio potere di guarigione su se stessa e abbandonando il rituale, disperdendo il potere del Realix. Per riflesso, il suo potere curativo guarisce anche le ferite di tutti i suoi compagni, salvando la vita a Riven. Insieme alle altre Winx, unendo i loro poteri Charmix in una convergenza magica, Bloom sconfigge infine la Fenice d'Ombra. Tornata la pace, ad Alfea viene organizzata una festa di fine anno. Le Winx, gli Specialisti, le Pixie, Mirta e Lucy si scattano una foto ricordo.